Il nome della città deriva da Bab-Ilani, ovvero la "Porta degli Dei" nome suggestivo che ben ricalca la presenza delel sue leggendarie porte, tra cui quella dedicata ala dea Isthar, oggi conservata presso il Museo di Berlino
Il primo storico che narra di Babilonia è Erodoto, che dopo averla visitata ne rimase incantato e ne descrisse le strade, il fiume, le possenti mura e i due templi, di cui uno dedicato a Zeus Belo, ovvero Baal.
Storia e leggenda si intrecciano in questo luogo che fa da sfondo a personaggi leggendari come la regina Semiramide, il re-legislatore Hammurabi o il conquistatore Nabucodonosor II o a luoghi quasi fantastici come la torre di Babele o i Giardini pensili, una delle
Sette Meraviglie del mondo.
L'età Paleobabolonese (1800-1600a.C. circa) e il regno di Hammurabi (1792-1949 a.C.)Durante il regno di Hammurabi, vero fondatore di Babilonia, e del suo successore Samsuiluna (1749-1712), la città fu la capitale dell'intera Mesopotamia (μέσος ποταμός, la terra tra i fiumi),centro politico, culturale e religioso al tempo stesso. I successori di Hammurabi si trovarono ben presto a fronteggiare continua rivolte e secessioni, soprattutto contro i Cassiti, un agguerrito gruppo etnico proveniente dai Monti Zagros a est (nella zona dell'attuale Iran-Iraq). Lo stato si indebolì permettendo al re ittita Mursilis I una veloce incursione che da Aleppo lo portò alla epocale conquista di Babilonia nel 1595 a.C. circa. La conquista ittita non ebbe durevoli conseguenze politiche ma portò all'instaurarsi,per alcuni secoli, di un nuovo stato a guida dei Cassiti.
L'età dei CassitiSotto i Cassiti, Babilonia entrò in una fase di decadenza politica, ma le sue scuole, che creavano scribi, amministratori e sacerdoti, continuarono a essere un punto di riferimento per la Mesopotamia e le regioni vicine. La lingua Babilonese, una lingua semitica evolutasi dall'akkadico parlato e scritto in mesopotamia nei cinque secoli precedenti, divenne una vera e propria lingua franca dall'Anatolia all'Egitto, come dimostrato dalle tavolette cuneiformi trovate nelle rovine del palazzo di Akhenaton ad Amarna. In questo stesso periodo furono codificati i grandi temi della letteratura mesopotamica, in buona parte confluiti nell'epica di Gilgamesh.L'età dei Cassiti suìi chiude con rovinose distruzioni causate dagli eserciti Elamiti provenienti dall'altopiano iranico occidentale.
L'età della rinascitaUna dinastia locale, sotto il re Nabucodonosor I, rifondò Babilonia come capitale politica e religiosa, esaltando il supremo ruolo divino di Marduk come dio nazionale in grandi composizioni epico-religiose. Babilonia fu poi travolta da nuove invasioni e cadde per secoli sotto l'mbra dello strapotere degli Assiri, che dopo averla saccheggiata tra l'814 e l'811 a.C. nominarono i loro sovrani "Re di Babilonia", col proseguire dell'VIII secolo essa viene dominata da gruppi etnici Caldei provenienti dall'Eufrate.
L'età del primato neobabiloneseTra il 626 e il 539 a.C. il re Nabopalassar si alleò con il potentato iranico dei Medi e nel 612 a.C. conquistò e distrusse la capitale assira Ninive, ponendo fine al dominio assiro sui Babilonesi, suo figlio Nabucodonosor II passò alla storia come uno dei sovrani più potenti della storia mesopotamica, ma anche a causa della presa e distruzione di Gerusalemme e del suo tempio nel 587 a.C., inoltre in questo periodo le culture di Sumer, Akkad e Babilonia, dei vari popoli nomadi di lingua semitica e dei Cassiti si fusero insieme creando un ambiente multiculturale ed estremamente vivace che portò alla ricostruzione della città che ottenne una struttura più fastosa.
L'età del dominio persianoNel periodo che va dal 539 al 330 a.C. la città fu soggetta al dominio persiano, iniziato da Ciro il Grande, citato anche nella Bibbia come protettore degli israeliti, Babilonia rimase una delle maggiori metropoli dell'impero persiano, ruolo che terminò con la conquista del sudetto impero da parte di Alessandro Magno.
L'età del dominio seleucide, partico e romanoDopo lo sfaldamento dell'effimero impero macedone la dinastia Seleucide ebbe nella spartizione della Persia la Satrapia di Babiloni, che divenne il nucleo da cui partì la sua conquista dei territori circostanti a danno degli altri diadochi. Durante questo periodo la capitale fu spostata da Babilonia a Seleucia, sulle sponde del Tigri, così la stessa Babilonia iniziò un periodo di declino anche se l'Esagila, santuario babilonese del dio Marduk, continuò ad essere estremamente frequentato fino all'età partica, fissata verso la fine del I secolo d.C., quando fu definitivamente abbandonato dai sacerdoti. L'ultima tavoletta ritrovata in cui la città veniva nominata è del 75 d.C. in seguito il nome antico della città è rimasto nel toponimo arabo Tell-Babil
Ecco un celebre quadro del pittore tedesco Pieter Bruegel il vecchio:
